4. Відділ видатків, мережі та зведених показників бюджету
5. Відділ бюджетних надходжень та казначейських операцій
6. Управління міжбюджетних відносин та видатків місцевих бюджетів
- відділ видатків місцевих бюджетів
- відділ розрахунків за міжбюджетними трансфертами та клірингових розрахунків
7. Управління обслуговування розпорядників коштів та інших клієнтів
- відділ обслуговування установ національної оборони та правоохоронних органів
- відділ обслуговування розпорядників коштів та інших клієнтів державного бюджету
- відділ обслуговування розпорядників коштів та інших клієнтів місцевих бюджетів
8. Управління консолідованої звітності
- відділ звітності про виконання державного бюджету
- відділ звітності про виконання місцевих бюджетів
9. Управління бухгалтерського обліку операцій з виконання бюджетів
- відділ бухгалтерського обліку
- відділ оперативного контролю за виконанням операцій з бюджетів
10. Управління інформаційних технологій та захисту інформації
- відділ прикладного програмного забезпечення та програмно-технічних комплексів
- відділ корпоративної телекомунікації, комп’ютерної техніки та захисту інформації
12. Відділ адміністративно-господарської роботи
15. Головний спеціаліст режимно-секретної роботи
16. Відділ обслуговування операційного дня
17. Головний спеціаліст із закупівель
18. Головний спеціаліст з питань запобігання та виявлення корупції